Efficacia di psicoterapie e psicofarmaci contro la malattia mentale/Antidepressivi
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Parte 1: Dati
[modifica | modifica sorgente]All'indirizzo https://data.mendeley.com/datasets/83rthbp8ys/2 è possibile scaricare un paper in formato pdf e dati in formato xlsx relativi ad una meta analisi fatta da ricercatori dal titolo "Cipriani et al_GRISELDA_Lancet 2018_Open dataset - Mendeley Datal" in cui viene esaminata l'efficacia e la tollerabilità di 21 farmaci antidepressivi. La ricerca analizza i dati di 522 studi clinici controllati, dove risultano coinvolti oltre 116.000 partecipanti adulti con disturbo depressivo maggiore. I risultati indicano che tutti i principi attivi esaminati sono più efficaci del placebo nel trattamento acuto della patologia. Nel codice viene eseguita una network meta-analysis (NMA) per i due outcome primari: efficacia (tasso di risposta) e accettabilità (interruzione del trattamento). La network meta-analysis , o meta-analisi a rete, è una metodologia statistica avanzata che permette di confrontare simultaneamente più trattamenti (interventi) all'interno di un unico modello, anche quando non sono stati confrontati direttamente tra loro in studi clinici. Mentre una meta-analisi tradizionale confronta solitamente due opzioni (es. un farmaco contro il placebo), la NMA viene usata per confrontare e classificare ben 21 diversi antidepressivi e il placebo. Uno dei principali vantaggi della NMA è che permette di creare una classifica o ranking che indica la probabilità di un farmaco di essere il migliore per un determinato esito. La NMA nel caso specifico calcola gli Odds Ratio (OR) e i relativi errori standard partendo dal numero di eventi (`Responders` o `Dropouts_total`) e dal numero totale di pazienti randomizzati (`No_randomised`).
Caricamento e visualizzazione dati :
data <- read.csv("Cipriani et al_GRISELDA_Lancet 2018_Open data.csv")
data[,c(4:9,12:13,15:19)] <- lapply(data[,c(4:9,12:13,15:19)], as.numeric)
Parte 2: Network meta-analisi
[modifica | modifica sorgente]Come si vede dalla network meta-analisi gli Odds Ratio (OR) sono quasi tutti maggiori di 1. Questo significa che il trattamento aumenta la risposta positiva rispetto al placebo . Ad esempio :
- OR = 2 → probabilità di risposta positiva raddoppia
- OR = 1.5 → +50% probabilità
# 3. Preparazione dei dati per l'efficacia (Response Rate)
# Utilizziamo 'Responders' come eventi e 'No_randomised' come totale.
pw_efficacy <- pairwise(treat = Drug,
event = Responders,
n = No_randomised,
studlab = StudyID,
data = data,
sm = "OR") # Odds Ratio
# 4. Esecuzione della Network Meta-Analysis per l'Efficacia
# Si utilizza un modello a effetti casuali (random-effects).
nma_efficacy <- netmeta(pw_efficacy,
reference = "placebo", # Il placebo è il composto di riferimento
common = FALSE,
random = TRUE)
nma_efficacy
Number of studies: k = 472
Number of pairwise comparisons: m = 790
Number of observations: o = 111307
Number of treatments: n = 91
Number of designs: d = 172
Random effects model
Treatment estimate (other treatments vs 'placebo'):
OR 95%-CI z p-value
agomelatine 1.6133 [1.4037; 1.8542] 6.74 < 0.0001
agomelatine 25-50mg 2.3646 [1.3384; 4.1777] 2.96 0.0030
agomelatine 25mg 1.7268 [1.2194; 2.4454] 3.08 0.0021
agomelatine 50mg 1.6703 [1.1216; 2.4874] 2.52 0.0116
amitriptyline 2.0995 [1.8857; 2.3374] 13.54 < 0.0001
bupropion 1.5664 [1.3771; 1.7818] 6.83 < 0.0001
bupropion 200mg 1.3568 [0.7230; 2.5463] 0.95 0.3421
bupropion 300mg 1.2619 [0.7329; 2.1727] 0.84 0.4015
bupropion 400mg 1.4762 [0.7875; 2.7670] 1.21 0.2244
bupropion 450mg 2.2935 [0.9534; 5.5171] 1.85 0.0638
citalopram 1.5121 [1.3240; 1.7268] 6.10 < 0.0001
citalopram 20mg 1.6544 [1.1887; 2.3026] 2.98 0.0028
citalopram 40mg 1.9886 [1.4265; 2.7722] 4.06 < 0.0001
citalopram 60mg 2.2094 [1.2771; 3.8223] 2.83 0.0046
clomipramine 1.5485 [1.2591; 1.9043] 4.14 < 0.0001
desvenlafaxine 1.5315 [1.1898; 1.9713] 3.31 0.0009
desvenlafaxine 100mg 1.4995 [1.1423; 1.9684] 2.92 0.0035
desvenlafaxine 50mg 1.3715 [1.0437; 1.8022] 2.27 0.0234
duloxetine 1.8535 [1.6401; 2.0947] 9.89 < 0.0001
duloxetine 120mg 2.1920 [1.4287; 3.3631] 3.59 0.0003
duloxetine 40mg 1.5260 [1.0656; 2.1852] 2.31 0.0211
duloxetine 60mg 1.5201 [0.8355; 2.7656] 1.37 0.1703
duloxetine 80mg 1.7738 [1.3002; 2.4200] 3.62 0.0003
escitalopram 1.6824 [1.4996; 1.8875] 8.86 < 0.0001
escitalopram 10mg 1.5967 [1.1943; 2.1346] 3.16 0.0016
escitalopram 20mg 1.4884 [1.0672; 2.0759] 2.34 0.0191
escitalopram 28mg 1.7417 [1.0844; 2.7975] 2.30 0.0217
fluoxetine 1.5368 [1.4148; 1.6692] 10.19 < 0.0001
fluoxetine 20mg 1.0242 [0.6793; 1.5442] 0.11 0.9092
fluoxetine 40mg 0.9221 [0.5930; 1.4339] -0.36 0.7189
fluoxetine 60mg 0.7777 [0.4683; 1.2916] -0.97 0.3314
fluvoxamine 1.6797 [1.4060; 2.0066] 5.72 < 0.0001
levomilnacipran 1.6142 [1.1772; 2.2133] 2.97 0.0029
levomilnacipran 120mg 1.7497 [1.0311; 2.9691] 2.07 0.0381
levomilnacipran 40mg 1.5768 [1.0453; 2.3786] 2.17 0.0299
levomilnacipran 80mg 1.4495 [0.9601; 2.1883] 1.77 0.0773
milnacipran 1.7694 [1.2565; 2.4918] 3.27 0.0011
milnacipran 100mg 1.6992 [1.1734; 2.4606] 2.81 0.0050
milnacipran 150mg 3.7622 [1.5232; 9.2926] 2.87 0.0041
milnacipran 200mg 1.7094 [1.1795; 2.4775] 2.83 0.0046
milnacipran 50mg 0.8909 [0.3948; 2.0107] -0.28 0.7810
mirtazapine 1.8418 [1.5916; 2.1313] 8.20 < 0.0001
mirtazapine 15mg 1.6663 [1.0003; 2.7759] 1.96 0.0499
mirtazapine 30mg 1.6387 [0.9849; 2.7264] 1.90 0.0573
mirtazapine 45mg 1.4322 [0.8342; 2.4586] 1.30 0.1927
nefazodone 1.5540 [1.1997; 2.0130] 3.34 0.0008
nefazodone 100-500mg 2.9135 [1.1259; 7.5396] 2.20 0.0275
nefazodone 100-600mg 2.2611 [1.0750; 4.7557] 2.15 0.0315
nefazodone 150-300mg 0.8942 [0.4176; 1.9148] -0.29 0.7734
nefazodone 200mg 2.0217 [0.8081; 5.0582] 1.50 0.1324
nefazodone 300-600mg 1.0560 [0.4968; 2.2449] 0.14 0.8873
nefazodone 300mg 1.0000 [0.3918; 2.5522] 0.00 1.0000
nefazodone 50-250mg 1.1810 [0.4534; 3.0758] 0.34 0.7334
nefazodone 50-300mg 1.5911 [0.7578; 3.3408] 1.23 0.2197
paroxetine 1.7410 [1.6039; 1.8897] 13.26 < 0.0001
paroxetine 10-40mg 1.6259 [0.8333; 3.1724] 1.43 0.1541
paroxetine 12.5-50mg 2.4477 [1.2290; 4.8748] 2.55 0.0109
paroxetine 20-40mg 1.5734 [0.8176; 3.0276] 1.36 0.1748
paroxetine 20-50mg 1.2947 [0.8101; 2.0692] 1.08 0.2803
paroxetine 20mg 1.3655 [0.6275; 2.9716] 0.79 0.4323
paroxetine 25-50mg 1.9243 [1.0734; 3.4498] 2.20 0.0280
paroxetine 25-62.5mg 1.7152 [1.0710; 2.7469] 2.25 0.0247
paroxetine 30mg 1.2585 [0.5767; 2.7461] 0.58 0.5636
paroxetine 40mg 1.0828 [0.4959; 2.3643] 0.20 0.8417
placebo . . . .
Placebo 1.1213 [0.5929; 2.1204] 0.35 0.7248
reboxetine 1.3855 [1.1712; 1.6389] 3.80 0.0001
reboxetine 4mg 0.6813 [0.3311; 1.4022] -1.04 0.2974
reboxetine 8mg 0.9170 [0.4506; 1.8662] -0.24 0.8112
sertraline 1.6051 [1.4435; 1.7847] 8.74 < 0.0001
sertraline 100mg 1.8386 [0.8703; 3.8841] 1.60 0.1105
sertraline 200mg 1.3232 [0.6168; 2.8383] 0.72 0.4721
sertraline 50mg 2.0909 [0.9969; 4.3855] 1.95 0.0510
trazodone 1.5005 [1.2457; 1.8075] 4.27 < 0.0001
venlafaxine 1.7128 [1.5497; 1.8931] 10.54 < 0.0001
venlafaxine 150mg 1.8486 [1.3010; 2.6267] 3.43 0.0006
venlafaxine 200mg 2.2299 [1.4021; 3.5463] 3.39 0.0007
venlafaxine 225mg 2.3597 [1.2474; 4.4638] 2.64 0.0083
venlafaxine 375mg 2.2005 [1.1607; 4.1720] 2.42 0.0157
venlafaxine 75mg 1.6975 [1.2547; 2.2967] 3.43 0.0006
venlafaxine IR 75-150mg 1.5043 [0.7536; 3.0028] 1.16 0.2470
venlafaxine XR 75-150mg 2.8829 [1.4373; 5.7824] 2.98 0.0029
vilazodone 1.5224 [1.1797; 1.9647] 3.23 0.0012
vilazodone 10mg 1.3115 [0.8821; 1.9498] 1.34 0.1802
vilazodone 20mg 1.3150 [0.9705; 1.7818] 1.77 0.0773
vilazodone 40mg 1.6586 [1.0786; 2.5507] 2.30 0.0212
vortioxetine 1.4816 [1.1732; 1.8711] 3.30 0.0010
vortioxetine 10mg 1.7354 [1.4155; 2.1276] 5.30 < 0.0001
vortioxetine 15mg 1.4971 [1.1080; 2.0228] 2.63 0.0086
vortioxetine 20mg 1.8764 [1.4806; 2.3781] 5.21 < 0.0001
vortioxetine 5mg 1.8355 [1.4279; 2.3594] 4.74 < 0.0001
La classifica degli antidepressivi consente di sapere quali sono i migliori:
# Classifica dei farmaci (SUCRA)
# Per classificare i trattamenti in base alla loro probabilità di essere i migliori.
netrank(nma_efficacy, small.values = "bad")
P-score milnacipran 150mg 0.9342 venlafaxine XR 75-150mg 0.8901 nefazodone 100-500mg 0.8491 amitriptyline 0.8275 agomelatine 25-50mg 0.8213 paroxetine 12.5-50mg 0.8169 venlafaxine 200mg 0.8066 venlafaxine 225mg 0.8062 duloxetine 120mg 0.8023 citalopram 60mg 0.7826 venlafaxine 375mg 0.7614 nefazodone 100-600mg 0.7605 bupropion 450mg 0.7463 citalopram 40mg 0.7437 sertraline 50mg 0.7106 duloxetine 0.7077 vortioxetine 20mg 0.7032 mirtazapine 0.6968 vortioxetine 5mg 0.6751 paroxetine 25-50mg 0.6702 venlafaxine 150mg 0.6667 nefazodone 200mg 0.6644 paroxetine 0.6279 duloxetine 80mg 0.6261 milnacipran 0.6199 sertraline 100mg 0.6151 vortioxetine 10mg 0.6099 venlafaxine 0.6020 levomilnacipran 120mg 0.5916 escitalopram 28mg 0.5907 agomelatine 25mg 0.5906 milnacipran 200mg 0.5777 paroxetine 25-62.5mg 0.5759 escitalopram 0.5733 venlafaxine 75mg 0.5723 milnacipran 100mg 0.5710 fluvoxamine 0.5670 agomelatine 50mg 0.5498 mirtazapine 15mg 0.5449 vilazodone 40mg 0.5422 citalopram 20mg 0.5399 mirtazapine 30mg 0.5281 paroxetine 10-40mg 0.5182 levomilnacipran 0.5112 agomelatine 0.5074 nefazodone 50-300mg 0.5003 sertraline 0.4991 escitalopram 10mg 0.4970 paroxetine 20-40mg 0.4903 levomilnacipran 40mg 0.4866 bupropion 0.4622 nefazodone 0.4604 duloxetine 60mg 0.4584 venlafaxine IR 75-150mg 0.4535 clomipramine 0.4509 duloxetine 40mg 0.4461 desvenlafaxine 0.4413 bupropion 400mg 0.4352 vilazodone 0.4339 fluoxetine 0.4292 vortioxetine 15mg 0.4176 desvenlafaxine 100mg 0.4175 escitalopram 20mg 0.4149 citalopram 0.4104 trazodone 0.4063 mirtazapine 45mg 0.3987 vortioxetine 0.3966 levomilnacipran 80mg 0.3954 paroxetine 20mg 0.3868 bupropion 200mg 0.3637 sertraline 200mg 0.3589 paroxetine 30mg 0.3280 desvenlafaxine 50mg 0.3157 nefazodone 50-250mg 0.3101 reboxetine 0.3069 paroxetine 20-50mg 0.2991 vilazodone 10mg 0.2972 bupropion 300mg 0.2915 vilazodone 20mg 0.2812 paroxetine 40mg 0.2315 Placebo 0.2276 nefazodone 300mg 0.2169 nefazodone 300-600mg 0.2150 milnacipran 50mg 0.1443 reboxetine 8mg 0.1395 fluoxetine 20mg 0.1389 nefazodone 150-300mg 0.1367 placebo 0.1025 fluoxetine 40mg 0.0999 fluoxetine 60mg 0.0578 reboxetine 4mg 0.0525