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File:Visual cycle.svg

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File originale (file in formato SVG, dimensioni nominali 841 × 750 pixel, dimensione del file: 19 KB)

Dettagli

Descrizione
English: The chemical reactions involved in a visual cycle. Image generated as PDF using LaTeX and then converted to SVG using dvisvgm. The resulting SVG was manually edited.
Data
Fonte Opera propria
Autore Krishnavedala
SVG sviluppo
InfoField
 
Il codice sorgente di questo file SVG è valido.
 
Questo diagramma in grafica vettoriale è stato creato con LaTeX da Rubber Duck ().
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LaTeX Source Code

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\documentclass[12pt,border=0pt,tikz,class=scrartcl]{standalone}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage[latin1]{inputenc}
\usepackage{lmodern}
\usepackage{mathtools,amssymb}
\usepackage{pgfplots}
\pgfplotsset{compat=1.10}
\usetikzlibrary{positioning,calc,arrows,fit,backgrounds,decorations.text,shapes}

\usepackage{chemfig,chemmacros}
\renewcommand*{\familydefault}{\sfdefault}
\renewcommand*\printatom[1]{\ensuremath{\mathsf{#1}}}
\setatomsep{1.5em}
\setdoublesep{.6ex}
\setarrowdefault{,1,ultra thick}
\setbondstyle{thick,cap=round}

\pagestyle{empty}
\begin{document}
\begin{tikzpicture}
	\node (n1) {
		\chemfig{*6(--(-)=(
		-=_[::-60]-[::60](-[2])
		=_[::-60]-[::60]=_[::-60]-[::60](-[2])
		=_[::-60]-[::60]=^[::-60]N(-[6,.6,,1,draw=none]H|^{\scriptstyle+})-[::60,,,1]R|hodopsin
		)-(-[::-30])(-[::-90])--)}
	};
	\node at ($(n1)-(25em,0)$) (n2) {
		\chemfig{*6(--(-)=(
		-=_[::-60]-[::60](-[2])
		=_[::-60]-[::60]=_[::-60]-[::60](-[2])
		=_[::-60]-[::60]=_[::-60]O
		)-(-[::-30])(-[::-90])--)}
	};
	\node at ($(n2)-(2,4.8)$) (n3) {
		\chemfig{*6(--(-)=(
		-=_[::-60]-[::60](-[2])
		=_[::-60]-[::60]=_[::-60]-[::60](-[2])
		=_[::-60]-[::60]-[::-60]OH
		)-(-[::-30])(-[::-90])--)}
	};
	\node at ($(n3)-(0,3.8)$) (n4) {
		\chemfig{*6(--(-)=(
		-=_[::-60]-[::60](-[2])
		=_[::-60]-[::60]=_[::-60]-[::60](-[2])
		=_[::-60]-[::60]-[::-60]OH
		)-(-[:120])(-[:60])--)}
	};
	\node at ($(n4.west)-(0,4)$) (n5) [anchor=west] {
		\chemfig{*6(--(-)=(
		-=_[::-60]-[::60](-[2])
		=_[::-60]-[::60]=_[::-60]-[::60](-[2])
		=_[::-60]-[::60]-[::-60]O-[::60](=[2]O)-[::-60]R
		)-(-[:120])(-[:60])--)}
	};
	\node at ($(n5)+(34em,0)$) (n6) {
		\chemfig{*6(--(-)=(
		-=_[::-60]-[::60](-[2])
		=_[::-60]-[::60]=_[::-60]-[6](-[::-60])=^[::60]-[::-60]-[::60]OH
		)-(-[:120])(-[:60])--)}
	};
	\node at ($(n6)+(0,4)$) (n7) {
		\chemfig{*6(--(-)=(
		-=_[::-60]-[::60](-[2])
		=_[::-60]-[::60]=_[::-60]-[6](-[::-60])=^[::60]-[::-60]=^[::60]O
		)-(-[:120])(-[:60])--)}
	};
	\node at ($(n7.east)+(.1,2.9)$) (n8) [anchor=south east] {
		\chemfig{*6(--(-)=(
			-=_[::-60]-[::60](-[2])
			=_[::-60]-[::60]=_[::-60]-[6](-[::-60])=^[::60]-[::-60]=^[::60]
			N(-[6,.6,,1,draw=none]H|^{\scriptstyle+})-[::60,,,1]R|hodopsin
			)-(-[:120])(-[:60])--)}
	};
	\node at ($(n5.east)!.5!(n6.west)-(3.7,4)$) (n9) {
		\chemfig{*6(--(-)=(
			-=_[::-60]-[::60](-[2])
			=_[::-60]-[::60]=_[::-60]-[6](-[::-60])=^[::60]-[::-60]-[::60]OH
			)-(-[:120])(-[:60])--)}
	};
	\node at ($(n5.east)!.5!(n6.west)+(3.7,-4.5)$) (n10) {
		\chemfig{*6(--(-)=(
			-=_[::-60]-[::60](-[2])
			=_[::-60]-[::60]=_[::-60]-[6](-[::-60])=^[::60]-[::-60]-[::60]O-[::-60] (-[::60]R)=[::-60]O
			)-(-[:120])(-[:60])--)}
	};
	\begin{pgfonlayer}{background} 
		\node [rounded corners=2em,draw=green,fill=yellow!30,line width=6pt,fit=(n1) (n2) (n3) (n8),inner sep=8pt] (big1) {};
		\node [rounded corners=2em,draw=green,fill=cyan!30,line width=6pt,fit=(n4) (n5) (n6) (n7) (n9) (n10),inner sep=8pt] (big2) {};
	\end{pgfonlayer}
	\draw [-latex,ultra thick] 
		(n1.west) -- (n2.east) 
		node [pos=.5,above] {\large\chemfig[green!50!black]{H_2O}};
	\draw [-latex,ultra thick] 
		(n2.south) node [above right] {\large all-trans retinal} 
		-- (n3.north) 
		node [pos=.5,left] {\large\color{green!50!black}all-trans RDH};
	\draw [-latex,ultra thick] 
		(n3.south) node [above right] {\large all-trans retinol} 
		-- (n4.north);
	\draw [-latex,ultra thick] 
		(n4.south) node [above right] {\large all-trans retinol} 
		-- (n4.north |- n5.north) 
		node [pos=.5,right] {\large\color{green!50!black}LRAT};
	\draw [-latex,ultra thick] 
		node at ($(n5)+(1,-1)$) {\large all-trans retinyl ester} 
		(n5.east) -- (n6.west) 
		node [pos=.5,above] {\large\color{green!50!black}RPE65};
	\draw [very thick] 
		(n9.north) .. controls ++(0,1.5) and ++(-1.5,0) .. ($(n5.east)!.5!(n6.west)$);
	\draw [-latex,very thick] 
		($(n5.east)!.5!(n6.west)$) .. controls ++(1.5,0) and ++(0,1.5) .. (n10.north);
	\draw [-latex,ultra thick] 
		node at ($(n6)+(0,-1)$) {\large 11-cis retinol} 
		(n6.north) -- ($(n7.south)+(0,.45)$) 
		node [pos=.5,left] {\large\color{green!50!black}11-cis RDH} 
		node [pos=1,above] {\large 11-cis retinal};
	\draw [-latex,ultra thick]
		(n7.north) -- (n7.north |- n8.south)
		node [pos=1,left] {\large 11-cis retinilidene};
	\draw [-latex,ultra thick]
		(n8.north) -- ($(n1.south)-(0,.1)$)
		node [pos=1,above] {\large all-trans retinilidene}
		node [pos=.5,right,inner xsep=8pt] {\large\color{green!50!black}h$\nu$};
	\draw [decorate, decoration={brace,amplitude=2em}, ultra thick]
		(big1.south west) -- (big1.north west)
		node [pos=.5,anchor=south,xshift=-20pt,rotate=90] {\Large Rod outer segment};
	\draw [decorate, decoration={brace,amplitude=2em}, ultra thick]
		(big2.south west) -- (big2.north west)
		node [pos=.5,anchor=south,xshift=-20pt,rotate=90] {\Large Retinal pigment epithelium};
\end{tikzpicture}
\end{document}

Licenza

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08:34, 11 apr 2015Miniatura della versione delle 08:34, 11 apr 2015824 × 748 (82 KB)KrishnavedalaPDF conversion using {{w|dvisvgm}} giving a much optimized SVG
18:59, 10 apr 2015Miniatura della versione delle 18:59, 10 apr 2015829 × 748 (121 KB)KrishnavedalaUser created page with UploadWizard

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